Colocar zero a esquerda PHP

Para colocar o zero a esquerda utilize a função str_pad() com o quarto argumento como STR_PAD_LEFT.

echo str_pad(1, 4, 0, STR_PAD_LEFT);
echo str_pad(10, 4, 0, STR_PAD_LEFT);
echo str_pad(100, 4, 0, STR_PAD_LEFT);
echo str_pad(1000, 4, 0, STR_PAD_LEFT);

Saída:

0001
0010
0100
1000